Cuando hay una actualización no se puede actualizar porque el usuario no tiene acceso al directorio donde está instalado.
El comando para lanzar PyCharm desde el entorno del usuario es:
/usr/bin/flatpak run --branch=stable --arch=x86_64 --command=pycharm-desktop com.jetbrains.PyCharm-Community
PyCharm se puede actualizar directamente desde la aplicación pero necesita que lo ejecutemos como root.
Para poder lanzar PyCharm como root, he añadido mi usuario al group wheel y editado con visudo el archivo /etc/sudoers para quitar el comentario a la línea:
%wheel ALL=(ALL) ALL
Después se incluye el usario en el grupo wheel y reiniciamos:
#usermod -a -G wheel usuario #rebootTras reiniciar, hay que ejecutar PyCharm como root usando el comando sudo:
sudo ~/.local/share/flatpak/app/com.jetbrains.PyCharm-Community/x86_64/stable/84cb7490ad1a6235db4d377e9bd37beba690788c5cc1bbe34721082299cba1e2/files/pycharm/bin/pycharm.sh
Para actualizar, ir al menú Help, y seleccionar la opción Check for Updates...